该项奖是由全国十大最佳合资企业、中国医药工业五十强第一名企业西安杨森制药有限公司捐资4 0 0 万元人民币，与我国医药卫生界于1 9 9 4 年联合设立的，是我国医药界非官方的高层次医药研究奖项。

吴阶平教授，曾任周恩来总理保健医生，医术精湛，医德高尚，在国内外享有盛誉；保罗·杨森博士献身科学，硕果累累，是国际著名的药学家、化学家。西安杨森制药有限公司捐赠四百万人民币，奖励我国卫生系统有突出成就的医药学工作者。为了表达对吴阶平教授和保罗·杨森博士这两位伟大科学家的敬意，经卫生部国际交流中心和西安杨森友好协商，将该项奖励命名为“吴阶平医学研究奖、保罗·杨森药学研究奖”, 简称为“吴杨奖”。

设立“吴杨奖”旨在奖励在医学、药学研究工作中，努力钻研并取得重大成绩的中青年医药工作者。评委会每两年颁奖一次，并公布下一年度设奖专业，由全国性学术团体在全国范围内推荐获奖候选人，报评委会审议、评定。